Ministerstvo financí navrhovalo zrušení Pozemkového fondu již v roce 2003

V rámci reformy veřejných financí navrhovalo v roce 2003 Ministerstvo financí kromě zrušení Fondu národního majetku a ČKA i ukončení činnosti Pozemkového fondu. Důvodem byl fakt, že existence těchto institucí měla své opodstatnění v transformačním procesu a pokud by tyto instituce existovaly i nadále, bylo by zde vždy pokušení využít těchto nestandardních nástrojů k realizaci řady opatření mimo oficiální rozpočtový rámec.

V reformě veřejných financí bylo tehdy uvedeno, že FNM, Pozemkový fond i Česká konsolidační agentura představují mimorozpočtové zdroje fiskálních rizik pro střednědobou stabilitu a udržitelnost veřejných financí.

Vláda tehdy rozhodla o ukončení činnosti FNM a ČKA. Ministerstvo financí tehdy navrhovalo připravit také koncepci ukončení činnosti Pozemkového fondu. Vláda však tehdy na základě žádostí ministra zemědělství Jaroslava Palase rozhodla o prodloužení činnosti Pozemkového fondu až do konce roku 2009.