Odbor je zodpovědný za správu finančních vztahů územních rozpočtů ke SR. Připravuje část návrhu SR, SZÚ a finančního vypořádání vztahů se SR za ÚSC, DSO a RRRS. Poskytuje dotace a návratné finanční výpomoci ÚSC a realizuje programové financování ve vlastnictví obcí. Zpracovává souhrnná data o hospodaření ÚSC, provádí analýzy v oblasti fiskální politiky, sleduje zadluženost ÚSC, DSO a RRRS, zajišťuje pro ně informační a poradenské služby a ověřuje zvláštní odbornou způsobilost úředníků ÚSC. Vykonává legislativní činnost v oblasti financování ÚSC. Vytváří koncepce, strategie a metodiky týkající se financování ÚSC. Vede správní řízení o udělení předchozího souhlasu s vydáním komunálních dluhopisů a v souvislosti se zadržováním daňových příjmů obcí a krajů při neplnění fiskálního pravidla rozpočtové odpovědnosti. Zpracovává souhrnná stanoviska ministerstva v rámci rozpočtového dozoru k uzavření či změně koncesní smlouvy. Je garantem metodiky výkaznictví a zveřejňování fiskálních údajů za subsektor místních vládních institucí dle požadavků směrnice Rady č. 2011/85/EU. Vede daňová řízení ve věcech porušení rozpočtové kázně v procesním režimu správy daní a správní řízení týkající se právních poměrů při poskytování dotací z územních rozpočtů.